Obwohl Altstätten als Ort und Hof so alt, ja vielleicht noch älter ist als Marbach, so kann doch Marbach als Pfarrei auf eine längere Vergangenheit zurückblicken, vermutlich, weil es in der Mitte der damals bewohnten Höfe lag.
In einer Urkunde von 1303 werden ein Läutpriester und ein Vizeläutpriester von Marbach und Altstätten genannt. Also stand der Priester der Kirche oder Kapelle von Altstätten unter dem Pfarrer von Marbach.
Beim Gotteshaus von Altstätten befand sich auch ein Haus oder eine «Samnung» von Schwestern, die mit Gottesdienst und Handarbeit ein geistliches Leben führten. Sie trugen ein graues Kleid mit Schleier. Aus dem Jahr 1258 wird berichtet, dass sie geplagt und aus ihrem Haus vertrieben wurden, und den Zehnten, den ihnen eine Edle aus Rätenberg zugebracht hatte, verkaufen mussten.
Im Jahre 1359 war Altstätten immer noch eine Filialkirche mit einem Kaplan, denn in diesem Jahr stellten Abt und Konvent von St.Gallen ein Gesuch an den zuständigen Bischof von Konstanz, sich diese beiden Seelsorgebezirke zu inkorporieren, das heisst, alle zur Pfarrei gehörigen Güter in den Besitz des Klosters zu übernehmen mit der Verpflichtung, für den Lebensunterhalt der Priester und die Instandhaltung der Gebäude aufzukommen. Der Abt begründete dieses Gesuch mit der finanziell schlechten Lage der Abtei. 40 Jahre vorher waren die Klostergebäude in St.Gallen abgebrannt und der Neubau hatte grosse Kosten verursacht. Der Bischof von Konstanz entsprach diesem Gesuch. Knapp 20 Jahre später, in einer Urkunde von 1377, wird berichtet, dass die Stadt zwei Priester hatte, und im Jahre 1391 ist Johannes von Wittenwil Läutpriester, das heisst, Pfarrer von Altstätten. Das genaue Gründungsjahr der Pfarrei ist freilich nicht mehr auszumachen, da keine Urkunden vorhanden sind. Diese könnten beim Stadtbrand von 1567 verbrannt sein.
Als weitere Seelsorger aus dieser ersten Zeit werden genannt: 1419 Pfarrer Othmar Pfister von Gossau, der vorher in Hagenwil war, 1430 Kaplan Rudolf von Rosenberg-Zuckenriet, sodann die Pfarrherren Othmar Bommer und Konrad Geisser. Ersterer verzichtete 1466 auf sein Amt, und Abt Ulrich Rösch setzte Konrad Geisser an seine Stelle. Um diese Zeit wurden in Altstätten drei Kaplaneipfründen gestiftet:
Die Pfarrei Altstätten war bei ihrer Gründung bedeutend grösser als heute. Sie umfasste die heutige politische Gemeinde (ausser Lüchingen und Lienz), dazu Eichberg und einige Höfe der heutigen Pfarreien Kobelwald, Gais und Trogen. Im Jahre 1460 (1446?) baute Gais eine eigene Kirche, und die Gegend von Stoss und Rietli kam dabei zur neuen Pfarrei. Das gleiche geschah 1467 (1461?) mit Trogen. Eine Anzahl Höfe im Grenzgebiet, die vorher zu Altstätten gehört hatten, wurden der neuen Pfarrei Trogen zugeteilt.
Das Gebiet der Gemeinde Eichberg gehörte bis in die neueste Zeit zur kath. Pfarrei Altstätten, und wurde im Jahre 1951 mit der Gründung der Pfarrei Hinterforst zu dieser geschlagen. Die beiden Höfe Hub und Unterkobelwies waren schon im Jahre 1892 zur Pfarrei Kobelwald gekommen. (Protestantisch Eichberg hatte schon im Jahr 1713 eine eigene Kirche gebaut und sich von der protestantischen Pfarrei Altstätten getrennt.)
Aus dem Mittelalter stammen 3 noch heute bestehende Gotteshäuser (Die alte Pfarrkirche fiel im Jahr 1567 dem grossen Stadtbrand zum Opfer):
Die Forstkapelle. Ihr Bau wird erwähnt in einer Urkunde vom Jahr 1477.
Die Maria-Hilf-Kapelle. Im Jahre 1517 verliessen die Schwestern in der «Samnung» ihr Haus an der Friedhofmauer und bezogen ein neues Heim samt Kapelle im Nonnental.
Die Bildkapelle. Auf dem Areal des jetzigen „Heim Bild“ stand ursprünglich ein Haus für die «Siechen», die Aussätzigen. Daneben befand sich ein winziges Kapellchen, mehr ein Bildstöcklein mit einem Bild der Schmerzhaften Mutter Gottes, vor dem die armen Kranken ihre Betstunden hielten. Später wurde das Kapellchen etwas vergrössert, war aber um das Jahr 1600 ganz verwahrlost. Da brach um 1628 die Pest aus, der viel Volk aus der Gegend zum Opfer fiel. In der Folge wurde die Kapelle renoviert, 1880 aber wegen Anlage eines Trottoirs abgebrochen und durch die jetzige schmucke Bildkapelle ersetzt. Weitere Informationen zur Geschichte der Katholischen Pfarrei kann im Buch Pfarrkirche St.Nikolaus nachgelesen werden. Bestellen kann man es beim Sekretariat in Altstätten.